Ceres licencia software de pesquisa de DNA para a Bayer CropScience

Empresa buscará licenças adicionais entre as companhias biocientíficas. Software como opção de serviço para comunidade de pesquisa mais ampla.

Thousand Oaks, Califórnia - Ceres, Inc. (Nasdaq: CERE), empresa agrícola de biotecnologia e de sementes, anunciou ter licenciado seu aplicativo de busca e visualização genômica Persephone para a Bayer CropScience. O contrato de licença multianual do software e colaboração oferece uma licença não-exclusiva para a Bayer, bem como serviços profissionais, incluindo suporte, customizações e manutenção. A Bayer é a segunda empresa multinacional biocientífica a ter o Persephone licenciado como seu “navegador” genômico principal.

Originalmente desenvolvido pela Ceres para uso interno, o Persephone permite aos pesquisadores ampliar ou diminuir com rapidez o zoom em grandes quantidades de dados genéticos, de um nível de cromossomos a uma simples base de DNA. Em cima desses dados, os usuários podem sobrepor e cruzar referências de informações, praticamente da mesma forma que os serviços de mapeamento geográfico permitem aos usuários adicionar informações sobre o tempo ou locais de negócios a um mapa de coordenadas.

“Estamos orgulhosos de a Bayer ter selecionado o Persephone como principal sistema de busca genômica para uso interno em Pesquisa e Desenvolvimento, e estamos ansiosos para trabalhar com a Bayer por muitos anos”, diz Richard Hamilton, presidente e CEO da Ceres. “A explosão do sequenciamento de genoma a baixo custo – tanto da ciência das plantas como da pesquisa biomédica – está criando conjuntos de dados incrivelmente grandes que são ricas fontes de informação, se prospectadas de forma eficiente. O Persephone nos proporciona uma oportunidade de curto prazo significativa em aproveitar a nossa expertise em bioinformática e análise genética, enquanto acelera o nosso trabalho de pesquisa e desenvolvimento interno”, disse Hamilton.

Dr. Jakob de Vlieg, chefe do grupo Computational Life Sciences da Bayer CropScience afirma: “Nossa empresa vai se beneficiar da implementação desta solução integrada, já que esta plataforma permite a consulta interativa e a visualização integrada de vários dados ômicos. O sistema de busca e pequisa de genoma Persephone impressionou nossos geneticistas e bioinformatas, tanto por seu desempenho como por sua interface amigável. O Persephone vai facilitar à eles a tomada de decisões em abordagens experimentais”.

Tim Swaller, vice-presidente de Tecnologias Genômicas da Ceres, observa que a velocidade é tida como base, na maioria dos mercados de software, mas o mercado de genética tem lutado com massivos conjuntos de dados gerados pelo sequenciamento de DNA e testes genéticos. Por exemplo, um genoma típico contém vários terabytes de dados. Genomas de plantas, que podem ser maiores do que o humano, têm sido os mais desafiadores.

Para ajudar a resolver o problema da velocidade e expandir o modo como os pesquisadores podem explorar e prospectar dados genéticos, os engenheiros do software Persephone desenvolveram métodos de compressão de dados e outras otimizações. “A velocidade muda a maneira como os pesquisadores podem usar seus dados. Ela incentiva a pesquisa mais exploratória e uma melhor utilização dos dados genéticos”, diz Swaller. A Ceres tem usado o Persephone no melhoramento genético assistido por marcadores e pipelines de características para acelerar o desenvolvimento de linhagens parentais de elite e melhoria dos híbridos de sorgo para o Brasil.

Swaller afirma que o Persephone pode ser empregado por meio de plataformas de tecnologia biocientíficas que utilizam dados genéticos. A Ceres oferece atualmente o Persephone como uma instalação de cliente-servidor e está desenvolvendo um software como um modelo de serviço (SaaS), que se destina a fornecer aos pesquisadores individuais uma ferramenta online para visualizar e comparar as informações genéticas armazenadas em bancos de dados públicos. A empresa tem como alvo o emprego de uma versão beta baseada em nuvem do Persephone até o final deste ano.

“Acreditamos que há muitos pesquisadores individuais atualmente que poderiam se beneficiar a partir da interface do Persephone”, disse Swaller. Ele salienta que a Ceres também está explorando oportunidades para o software fora da agricultura.

O Persephone é um aplicativo de visualização do genoma comercializado pela Ceres, Inc. O software permite que os pesquisadores explorem as bases de dados de DNA da mesma forma que os programas de mapeamento on-line permitem aos usuários explorar regiões geográficas e lugares. O Persephone foi projetado para exibir diversos dados, como mapas genéticos, sequências genômicas, modelos de genes, sintenia (QTLs, SNPs, RNA-Seq, e expressão gênica, entre outros. O software possui um sistema de renderização gráfica ultra-rápida que pode carregar e visualizar 30 milhões de SNPs em 30 segundos em instalações de cliente-servidor. O Persephone é uma marca de Ceres, Inc.

Perfil - A Ceres, Inc. é uma empresa de biotecnologia agrícola que comercializa sementes para culturas bioenergéticas utilizadas na produção de combustíveis renováveis para transporte, energia elétrica e produtos de base biológica. A empresa combina o melhoramento genético avançado e a biotecnologia para desenvolver produtos que possam resolver as limitações de matérias-primas de primeira geração de bioenergia, aumentar a produtividade da biomassa, reduzir o uso de insumos agrícolas e melhorar o cultivo em terras marginais. Suas atividades de desenvolvimento incluem o sorgo sacarino, sorgo de alta biomassa, switchgrass e miscanthus. A Ceres comercializa seus produtos sob a marca Blade. A companhia também licencia sua tecnologia e traços biotecnológicos para outras organizações.